أصله من جُبع في جبل عامل، هاجر أبوه إلى بعلبك وفيها كانت ولادته سنة 953 للهجرة، 1547 للميلاد، وبنتيجة خوف العلماء العامليّين على أنفسهم في ظلّ السلطنة العثمانية، رحل الوالد إلى العراق مصطحباً معه ولده محمّد الذي لم يدرك سنّ البلوغ بعد، وهناك، أرسل الشيخ علي المنشار العاملي، الذي كان «شيخ الإسلام» في زمن الشاه طهماسب الصفوي، إلى الشيخ حسين يدعوه إلى إيران، فاستجاب الدعوة، وأقام بأصفهان ثلاث سنين، إلى حين وفاة الشيخ المنشار، فاستدعاه الشاه إلى عاصمته قزوين، وقلّده مشيخة الإسلام.
وكان الشيخ علي المنشار قد زوّج الشيخ البهائي ابنته التي لم يُنجب غيرها، وكانت «عالمة وافرة الفضل، فقيهة، محدّثة، قرأت على والدها، كانت تدرّس الحديث والفقه للنساء». فلمّا توفّي والدها انتقلت تركته إليها، بما في ذلك مكتبته النفيسة التي كانت تقدّر بأربعة آلاف كتاب، أحضر معظمها من الهند حيث كان أقام فيها برهة من الزمن.

  في إيران، تعلّم الشيخ البهائي الفارسية وأتقنها، وأخذ دروسه الأولى في العلوم الدينية ومقدّماتها على يد أبيه، فقرأ عنده علوم العربية، والحديث، والتفسير، وروى عنه ما رواه عن الشهيد الثاني. يقول الشيخ حسين بن عبد الصمد: «قرأ عليّ ولدي الأكبر جملة كافية من العلوم العقلية والنقلية، جميع ما تضمّنته إجازة الشهيد لي واحتوت عليه بالطرق المعتبرة فيها، وجميع مؤلّفاتي نظماً ونثراً ".." شارطاً عليه الاحتياط في الرواية، واتّباع شرائطها المقرّرة عند أهل الرواية والدراية». ويردّد الشيخ البهائي كثيراً في كتبه: «والدي وأستاذي، ومن إليه في العلوم الشرعية استنادي». ثمّ أُتيح للشيخ البهائي أن يتعلّم في قزوين على يد جهابذة العلماء، منهم:
1- الشيخ عبد الله بن الحسين اليزدي، من أساتذة المنطق والحكمة. أخذ عنه الكلام والمنطق والمعاني.
2- الحكيم عماد الدين محمود بن مسعود الشيرازي، أشهر أطباء إيران في عصره. قرأ عليه الطبّ.
3- المولى علي المذهب المدرّس. تلمّذ عليه في الرياضيات.
4- ملّا فضل القاضي أو القايني المدرّس. أخذ عنه الرياضيات والكلام والفلسفة.
فيلاحظ أنّه درس على هؤلاء العلماء غير العلوم الشرعية، التي استند فيها على أبيه كما تقدّم.
أمّا خارج إيران، وفي رحلاته التي سيأتي الكلام عنها، فقد أخذ عن كبار العلماء الذين التقى بهم في الحواضر الاسلامية، فحضر في حلب دروس الشيخ عمر العُرضي، وروى عن الشيخ محمّد بن محمد بن أبي اللطف المقدسي الشافعي صحيحَ البخاري وجميع كتبه.

بدأ بهاء الدين العاملي مهمّة التدريس رسميّاً في «هراة»، وكان في حوالي الثلاثين من عمره. ثمّ درّس بعد ذلك في قزوين، ومشهد، وأصفهان، وفي كلّ الأمكنة التي ذهب إليها. وفي أصفهان كانت داره أشبه بمدرسة داخلية للطلّاب الوافدين إلى إيران من خارجها. ومن الذين قصدوه للدراسة عنده: الشيخ زين الدين، حفيد الشهيد الثاني، والشيخ حسين الحرّ العاملي المشغري. ومن المدينة المنورة، قصده السيّد حسين بن شدقم الحسيني المدني. وبلغ تلامذته المئات، نبغ منهم فحول المعرفة في الميادين المختلفة. ومن أبرز هؤلاء:
1-  صدرالدين الشيرازي، المعروف بالملّا صدرا، الفيلسوف الكبير صاحب كتاب (الأسفار الأربعة).
2- الشيخ محمّد تقي المجلسي (الأوّل)، والد العلّامة محمد باقر المجلسي، صاحب كتاب (بحار الأنوار).
3- الملّا محسن الفيض الكاشاني، العارف الحكيم، صاحب المؤلّفات في الحكمة، والتصوّف، والأخلاق، والتفسير.
4- الشيخ عليّ بن حاتم البحراني، أوّل من نشر علم الحديث في بلاد البحرين.
5- نظام الدين الساوجي، الذي أكمل كتاب (الجامع العباسي) في الفقه، بعد وفاة أستاذه البهائي.
6- المولى محمّد صالح بن أحمد المازندراني، صاحب (شرح أصول الكافي).

تولّى الشيخ حسين والد البهائي، مشيخة الإسلام زمن طهماسب الأوّل، وأقام على ذلك في العاصمة قزوين حوالى السبع سنوات، إلى أن فتح الشاه هراة، فطلب منه الانتقال إليها لإرشاد أهلها، وكان جلّهم من غير الشيعة، فصحبه ولده البهائي مدّة، ثم عاد إلى قزوين لمتابعة نشاطه العلميّ فيها. وبعد سنوات من إقامة الوالد في هراة، قدم قزوين للقاء الشاه، طالباً الرخصة له ولولده بالتوجّه إلى بيت الله الحرام. فأذن الشاه له ولم يأذن لولده البهائي، وأمره أن يقوم مقام أبيه في مشيخة الاسلام. ثم تابع الشيخ حسين طريقه بعد الحج إلى البحرين، ثمّ ما لبث أن توفّي فيها.
بقي الشيخ البهائي في منصبه مكرهاً حتى وفاة الشاه طهماسب، فعمّ الاضطراب في البلاد، فاغتمها الشيخ سانحة للخروج من إيران للحجّ وسائحاً في البلاد. يقول السيد علي خان المدني الذي وُلد بعد حوالى 20 سنة من وفاة البهائي: «ثمّ رغب في الفقر والسياحة، واستهبّ من مهاب التوفيق رياحه، فترك تلك المناصب، ومال لما هو لحاله مناسب، فقصد حجّ بيت الله الحرام، وزيارة النبيّ وأهل بيته الكرام ".." ثمّ أخذ في السياحة ".." واجتمع في أثناء ذلك بكثير من أرباب الفضل والحال، ونال من فيض صحبتهم ما تعذّر على غيره واستحال».

بعد أداء مناسك الحج، وزيارة المدينة المنوّرة، ساح الشيخ البهائي في البلاد الإسلامية، ساتراً هويّته، متزيّياً بزيّ الدراويش، فزار مصر كما فعل قبلاً والده، وكما فعل الشهيدان الأوّل والثاني، قصدها للأخذ عن شيوخها والرواية عنهم. وفيها، اجتمع بالشيخ محمّد بن أبي الحسن البكري، فكان الأخير يُبالغ في تعظيمه. وروى أنّ الشيخ البهائي قال له يوماً: «يا مولانا! أنا درويش فقير، فكيف تعظّمني هذا التعظيم؟! قال البكري: شممتُ منك رائحة الفضل».
ومن مصر، توجّه إلى القدس الشريف، والتقى بمحمّد بن يوسف، بن أبي اللطف، الملقّب بالرّضيّ. فعظّمه كذلك. وينقل عنه المؤرّخ المحبي في (خلاصة الأثر في تراجم أهل القرن الحادي عشر): «ورد علينا من مصر رجل من مهابته محترم، فنزل في بيت المقدس بفناء الحرم، عليه سيماء الصلاح، وقد اتّسم بلباس السيّاح، وقد تجنّب الناس، وأنس بالوحشة دون الإيناس، وكان يألف من الحرم فناء المسجد الأقصى، ولم يُسند أحد مدة الإقامة إليه نقصاً، فأُلقي في روعي أنّه من كبار العلماء الأعاظم، فما زلت لخاطره أتقرّب، ولما لا يرضيه أتجنّب، فإذا هو ممّن يُرحل إليه للأخذ منه، وتُشدّ له الرحال للرواية عنه، يسمّى بهاء الدين، محمّد الهمداني الحارثي».
ومن القدس، توجّه الشيخ البهائي إلى دمشق، فحلب. واجتمع فيهما بأعيان العلماء، وكان يُوصي من يتعرّف إليه بكتمان أمره، خوفاً من السلطات العثمانية وأعوانها، كي لا يقال عنه ما قيل عن الشهيد الثاني إنّه رجل مبتدع، وهي تهمة بالغة الخطورة إذا ما وُجهّت إليه، خصوصاً أنّه قادم من بلاد الفرس، وهي في حرب مع العثمانيين.
ولمّا عاد إلى إيران، كانت له سياحة ثانية في مدنها، فأقام في أصفهان، ثم توجّه إلى مشهد لزيارة الإمام الرضا عليه السلام، ثم توجّه إلى قزوين. وكانت له بعد ذلك رحلات إلى العراق، زار فيها المراقد المقدّسة للأئمّة عليهم السلام. وممّا دوّنه في زيارته النجف: «قد صمّم العزيمة محمّد المشتهر ببهاء الدين العاملي، على أن يبني مكاناً في النجف الأشرف، لمحافظة نعال زوّار ذلك الحرم الأقدس، وأن يُكتب على هذا المكان هذين البيتين، اللذين سنح بهما الخاطر الفاتر، وهما: هذا الأفق المبين قد لاح لديك    فاسجد متذلّلاً وعفّر خديك
ذا طور سينين فاغضض الطرف به      هذا حرم العزّة فاخلع نعليك
ثم توجّه من النجف إلى قم، واختلى بنفسه مدّة عند فاطمة المعصومة عليها السلام.
وبعد عودة البهائي من رحلاته تلك، كان قد استتبّ الأمر في الدولة الصفوية، بتولّي الشاه عباس زمام الحكم، وجعل عاصمته أصفهان، فقرّبه، وأوكل إليه مشيخة الإسلام من جديد، فاستمرّ بها إلى حين وفاته قدّس سرّه.

اعترف عامّة من ترجم للشيخ البهائي، وجميع من جاء بعده، بعظم شخصيته العلمية العملاقة في أفق العلم، وسماء المعرفة، نورد بعض الأقوال بحقّه:
* الشيخ الحرّ العاملي (ت1104هـ) في كتابه (أمل الآمل): «حاله في الفقه، والعلم، والفضل، والتحقيق، والتدقيق، وجلالة القدر، وعظم الشأن، وحسن التصنيف، ورشاقة العبارة، وجمع المحاسن أظهر من أن يُذكر، وفضائله أكثر من أن تُحصر..».
* المؤرخ محمّد المحبّي (ت1111هـ) في (خلاصة الأثر): «بطل العلم والدين، الفذّ، صاحب التصانيف والتحقيقات، وهو أحقّ من كلّ حقيق بذكر أخباره، ونشر مزاياه، وإتحاف العالم بفضائله وبدائعه. وكان أمّة مستقلّة في الأخذ بأطراف العلوم، والتضلّع بدقائق الفنون، وما أظنّ الزمان سمح بمثله، ولا جاد بندّه».
* السيد مصطفى التفرشي (ت 1015هـ) في (نقد الرجال): «جليل القدر، عظيم المنزلة، رفيع الشأن، كثير الحفظ. ما رأيت بكثرة علومه، ووفور فضله، وعلوّ رتبته في كلّ فنون الإسلام، كمن له فنّ واحد».
* تلميذه، المجلسي الأوّل: «الشيخ الأعظم، والوالد المعظّم، الإمام العلّامة، ملك الفضلاء والأدباء والمحدّثين، بهاء الملّة والحقّ والدين».
* السيد علي خان المدني (ت1120هـ) في (سلافة العصر):«علّامة البشر، ومجدّد دين الأئمّة على رأس القرن الحادي عشر، إليه انتهت رياسة المذهب والملّة، وبه قامت قواطع البراهين والأدلّة، جمع فنون العلم، وانعقد عليه الإجماع، وتفرّد بصنوف الفضل فبهر النواظر والأسماع».

جمع الشيخ البهائي قدّس سرّه من العلوم أكثرها، واختصّ بكتابة المختصرات الحاوية لعصارة مجلّدات. فهو فقيه مع الفقهاء، محدّث مع أهل الحديث، مفسّر مع المفسّرين، أديب مع الأدباء، ورياضي وفيلسوف مع أهل هذه العلوم، وقد أُثر عنه الكثير من المؤلّفات في شتّى هذه العلوم، من بينها:

* في الفقه: (الإثنا عشريّات الخمس). وهي رسائل في أبواب: الطهارة، الصلاة، الزكاة، الخمس، الصوم، الحج. ووجْه تسمية كلّ واحدة منها بالإثني عشريّة، أنّه رتّب كلّاً منها على اثني عشر فصلاً. (الرسالة الحريرية في ما لا تتمّ الصلاة فيه)، (رسالة في تحريم ذبائح أهل الكتاب)، (الجامع العبّاسي-بالفارسية).

* في أصول الفقه: (الزبدة) ، (لغز الزبدة) ، (حواشي الزبدة).

* في الحديث: (شرح الأربعين حديثاً)، (حاشية الفقيه)، (مشرق الشمسين).

* في الرجال: (حاشية على خلاصة العلّامة)، (فوائد في الرجال).

* في اللغة: (الفوائد الصمديّة في علم العربية)، (أسرار البلاغة)، (تهذيب النحو).

* في الأدعية وشروحاتها: (حدائق الصالحين في شرح صحيفة سيّد الساجدين)، (شرح دعاء الصباح)، (الحديقة الأخلاقية-شرح دعاء مكارم الأخلاق)، (الحديقة الهلالية-شرح دعاء رؤية الهلال من الصحيفة السجادية)، (مفتاح الفلاح في الأعمال والأدعية).

* في التفسير: (العروة الوثقى)، (الصراط المستقيم)، (عين الحياة)، (الحبل المتين في مزايا القرآن المبين)، (حاشية على تفسير القاضي البيضاوي).

* في الرياضيّات: (خلاصة الحساب)، (اللباب في شرح خلاصة الحساب)، (رسالة في الجبر والمقابلة)، (تشريح الأفلاك)، (الرسالة الحاتمية في الأسطرلاب)، (رسالة في تحقيق جهة القبلة)، (الملخّص في الهيئة).
إضافة إلى مؤلّفات أخرى كالكشكول، الذي أفردنا له قراءة في «دوائر ثقافية من هذا العدد». وكتب أخرى باللغة الفارسية.

وقع الاختلاف في تحديد سنة وفاة الشيخ البهائي، فمن قائل أنّها سنة 1029هـ، وآخر أنّها سنة 1030 وهو القول الأشهر، وقيل سنة 1031. توفّي في أصفهان عن 77 من عمره الشريف. ونقل جثمانه إلى مشهد ليدفن في داره المجاورة لحرم الإمام الرضا عليه السلام.
حكي عن المجلسي الأوّل أنّه قال في ترجمة أستاذه: «سمع قبل وفاته بستّة أشهر صوتاً من قبر بابا ركن الدين، وكنت قريباً منه، فنظر إلينا وقال: سمعتم ذلك الصوت؟ فقلنا: لا. فاشتغل بالبكاء والتضرّع والتوجّه إلى الآخرة. وبعد المبالغة العظيمة قال: إنّي أُخبرت باستعداد الموت. وبعد ذلك بستّة أشهر تقريباً توفّي، وتشرّفت بالصلاة عليه مع جميع الطلبة والفضلاء، وكثير من الناس يقربون من خمسين ألفاً». وحُكي أنّ الذي سمعه الشيخ كان (شيخنا در فكر خودباش) أي يا شيخنا فكر في نفسك.
يقول مؤرّخ الدولة الصفوية إسكندر المنشي: «إنّ الشيخ مرض في الرابع من شوّال سنة 1030، وتوفّي بعد ذلك بسبعة أيام ".." واجتمع حول جنازته كثير من الأعيان، وتزاحم الناس على حملها، وبلغ من ازدحامهم أنّ ميدان نقش جهان على سعته وفسحته كان يضيق بالناس، فوُضع في المسجد الجامع العتيق، وغُسّل بماء البئر، وصلّى عليه العلماء والفقهاء، ووُضع في البقعة الشريفة المنسوبة إلى الإمام زين العابدين عليه السلام، والتي هي مدفن اثنين من أولاد الإئمّة عليهم السلام، ومنها نُقل إلى المشهد الرضوي بحسب وصيّته التي كان أوصى بها، وأن يُدفن في منزله الذي كان يُقيم فيه في المشهد الرضوي، من جهة رجْلَي الإمام الرضا عليه السلام».
‍